A realização da análise por microscopia é um fator muito importante quando queremos avaliar nossos sistemas biológicos de tratamento. Através da microscopia é possível observar o lodo biológico “por dentro” avaliando a presença de vários tipos de microrganismos e, assim, obtendo se um diagnóstico mais preciso da saúde do lodo e dos problemas que possam estar ocorrendo no sistema.