Esse processo é de fundamental importância para a produção de biogás por somente com a quebra dos polímeros maiores é que começa o processo de biodigestão, contudo esse processo ocorre na ausência ou não de oxigênio.

Na Acidogênese as substancia resultantes da hidrólise são transformadas por bactérias fermentativas em ácido propanóico, ácido butanóico, ácido láctico e alcoóis assim como hidrogênio e gás carbônico.

A formação de produtos nesta fase também depende da quantidade de hidrogênio dissolvido na mistura.

Quando a concentração de hidrogênio é muito alta, interfere negativamente na eficiência da acidogênese o que causa o acumulo de ácidos orgânicos. Com isso, o pH da mistura baixa e o processo pode ser quase que totalmente afetado, além de provocar corrosão no sistema.

Na Acetogênese o material resultante da acidogênese é transformado em ácido etanóico, hidrogênio e gás carbônico por bactérias acetogênicas. Esse é uma das fases mais delicadas do processo, pois é necessário manter o equilíbrio para que a quantidade de hidrogênio gerado seja consumido pelas bactérias Archeas responsáveis pela metanogênese. A metanogênese ocorre por diferentes grupos de bactérias basicamente através de duas reações.

Na primeira reação, ocorre a geração de metano e gás carbônico derivados do ácido acético.

Na segunda o Hidrogênio e o gás carbônico dão origem ao metano e a água.

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